Essa é mais uma das inúmeras dúvidas quanto ao uso de hífen.
Já foi publicado em vários outros posts a mesma dica para casos como esse: basta lembrar que se as letras que se encontram na junção dos dois termos forem vogais e iguais, usamos o hífen. Se forem vogais diferentes, não usamos o hífen.
Resumindo: o correto é escrever micro-organismo
Essa mesma regra se aplica a anti-inflamatório e micro-ondas, por exemplo.
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